依据《方案》内容，此次检查将结合当前水利建设实际，确定全国小型农田水利重点县建设、东北节水增粮行动项目、农村饮水安全工程、中小河流治理、重大水利工程等5个领域为2014年全国水利工程建设领域突出问题专项治理工作的重点领域。
《方案》要求各省级水行政主管部门于4月30日之前制定实施方案并开展治理工作。此后，5月-10月，各级水行政主管部门应开展自查自纠，8月-11 月，将开始分级督查，对督查中发现的问题，要提出明确的整改要求。督查方式和时间由督查单位根据自查自纠进展确定。2014年11月-12月上旬，进行集 中整改总结。
关于整改工作，《方案》要求各整改责任单位要明确整改责任人和整改期限，建立整改台账，制定整改措施。在问题整改工作中，要注重从长效机制层面健全规 章制度，从工作层面研究强化执行力的具体办法，从管理力量层面采取提高自身监管能力的有效措施。各单位要对专项治理工作开展情况进行认真总结，各省级水行 政主管部门将本省专项治理工作总结报告、有关司局将各重点领域突出问题专项治理工作总结报告于2014年12月15日前报部工程治理领导小组。